Factor de gran impacte mediambiental i higiènic, és un dels apartats més sensibles dins dels protocols d’actuació. Per les seves característiques, el tractament de residus permetrà una gestió logística robotitzada a partir de diferents tractaments.
| residus orgànics | Material de rebuig alimentari amb un alt poder contaminant si no es tracta de la manera adient. Tenen tractaments específics. |
| residus inorgànics | Material de rebuig de diferent procedència que pot ser reciclat. Degut a les grans quantitats de matèria que es mou en una UCPA els residus orgànics suposen un volum molt important de rebiug que cal tractar. Materials com la fusta, els envasos, el plàstic o el cartró es poden convertir en un problema a tenir en compte si no es busquen les solucions adients. |
En funció de les característiques dels residus i del protocol a seguir, es podrà optar entre diferents tipus de tractament de residus:

